Có hai nhóm phương ngữ tiếng Malagasy; Đông (gồm phương ngữ Merina) và Tây (gồm phương ngữ Sakalava), với đường đồng ngữ chạy hòn đảo theo hướng bắc nam. Ethnologue ghi nhận 12 phương ngữ Malagasy như những ngôn ngữ riêng biệt.

Đông

Các phương ngữ miền Đông là:

• Bắc Betsimisaraka (1.270.000 người nói) – nói bởi người Betsimisaraka ở vùng duyên hải đông bắc
• Nam Betsimisaraka (2.000.000 người nói) – nói bởi người Betsimisaraka ở vùng duyên hải đông nam
• Cao nguyên (7.520.000 người nói) – nói ở vùng trung tâm hòn đảo
• Tanosy (639.000 người nói) – nói bởi người Antanosy ở miền nam
• Tesaka (1.130.000 người nói) – nói bởi người Antaisaka ở miền đông nam.[11]

Tây

Các phương ngữ miền Tây là:

• Antankarana (156.000 người nói) – nói bởi người Antankarana ở viễn bắc đảo
• Bara (724.000 người nói) – nói bởi người Bara ở miền nam
• Masikoro (550.000 người nói) – nói bởi người Masikoro ở miền tây nam
• Sakalava (1.210.000 người nói) – nói ở miền tây hải miền tây
• Tandroy-Mahafaly (1.300.000 người nói) – nói bởi người Antandroy và Mahafaly ở viễn nam đảo
• Tsimihety (1,615,000 người nói) – nói bởi người Tsimihety.[11]

Ngoài ra, Bushi (41.700 người nói) còn được nói trên đảo Mayotte,[12] phía tây bắc đảo Magadascar.

Sự khác biệt

Hai phương ngữ Sakalava và Merina có thể được phân biệt bằng những đặc điểm ngữ âm:Sakalava mất đi phụ âm mũi cuối từ, trong khi Merina thêm âm [ə̥]:

• *tañan 'tay' → Sakalava [ˈtaŋa], Merina [ˈtananə̥]

Âm *t cuối từ biến thành -[tse] ở Sakalava nhưng thành -[ʈʂə̥] ở Merina:

• *kulit 'da' → Sakalava [ˈhulitse], Merina [ˈhudiʈʂə̥]

Sakalava lưu giữ *li và *ti, còn ở phương ngữ Merina chúng trở thành [di] (như huditra 'da' bên trên) và [tsi]:

• *putiq 'trắng' → Sakalava [ˈfuti], Merina [ˈfutsi]